Cerkiew działała do 1914, kiedy została zamknięta jako instytucja związana z państwem walczącym przeciw Austro-Węgrom w wojnie. Do jej ponownego otwarcia bez powodzenia starał się doprowadzić metropolita Zachodnioeuropejskiego Egzarchatu Rosyjskiej Cerkwi Prawosławnej Eulogiusz. Parafia w Wiedniu, w porównaniu z innymi zagranicznymi parafiami prawosławnymi powstałymi po rosyjskiej wojnie domowej, była jednak niewielka, w dodatku szybko podzieliła się na zwolenników apolityczności Cerkwi zgrupowanych wokół metropolity Eulogiusza oraz na będących w większości monarchistycznie nastawionych członków Rosyjskiego Kościoła Prawosławnego poza granicami Rosji, którzy urządzili dla siebie osobną cerkiew domową.
W 1927 władze austriackie przekazały zapuszczony sobór ambasadzie radzieckiej. Budynek nadal jednak stał pusty, a jego stan techniczny ulegał dalszej degradacji. W październiku 1941 porzucony sobór został sprzedany wyższej szkole muzycznej, a już w rok później miał być zaadaptowany na miejsce tymczasowego zakwaterowania bezdomnych, czemu ostatecznie sprzeciwiła się dyrekcja szkoły.