Praca w seminariach duchownych Po ukończeniu Akademii został skierowany do pracy jako wykładowca Pisma Świętego w seminarium duchownym w Rydze, następnie w sierpniu 1898 został inspektorem seminarium w Chełmie. Rektor seminarium, biskup lubelski Eulogiusz, w swoich wspomnieniach wysoko oceniał jego ówczesną działalność. W Chełmie hieromnich Beniamin występował z publicznymi wykładami o tematyce moralnej i religijnej. Następnie mnich Beniamin został przeniesiony na analogiczne stanowisko w seminarium duchownym w Petersburgu. W stolicy ponownie podjął działalność w towarzystwie krzewienia moralności, z którym był związany jako student. W 1900 został również członkiem bractwa św. Jana Teologa, które organizowało pomoc dla ubogich słuchaczy seminarium duchownego. Ponadto od 1901 pełnił funkcję cenzora cerkiewnego pisma Отдых христианина.