18 lutego 1902 otrzymał godność archimandryty, zaś 2 kwietnia stanowisko rektora seminarium duchownego w Samarze. Beniamin wprowadził istotne zmiany w funkcjonowaniu seminarium, dążąc do tego, by seminarzyści otrzymywali nie tylko wiedzę teoretyczną, ale i praktyczną. Wprowadził codzienną Świętą Liturgię w języku cerkiewnosłowiańskim, raz w roku również po grecku. Poszerzył program nauczania w szkole publicznej działającej przy seminarium. Archimandryta organizował wyjazdy misyjne do wsi w rejonie Samary, organizował publiczne debaty z duchoborcami, mołokanami i sztundystami. Latem 1903 i 1904 Beniamin udał się razem z seminarzystami w podróż po kraju. W raporcie oberprokuratora Świątobliwego Synodu Rządzącego za okres 1903–1904 seminarium w Samarze wymieniono wśród najlepszych średnich prawosławnych szkół teologicznych w Rosji. W marcu 1903 został zastępcą przewodniczącego prawosławnego bractwa św. Aleksego w Samarze. Był również odpowiedzialny za organizację nauczania religii w męskich szkołach w mieście. W sierpniu 1905 przewodniczył zjazdowi misjonarzy eparchii samarskiej.