12 października 1905 został przeniesiony na stanowisko rektora seminarium duchownego w Petersburgu. De facto rozpoczął w nim pracę dopiero po świętach Narodzenia Pańskiego (styczeń 1906), wcześniej z powodu wydarzeń rewolucyjnych szkoła nie działała. Na nowo podjął wówczas pracę duszpasterską wśród petersburskich robotników i innych ubogich mieszkańców. Od 13 października 1908 zasiadał w radzie ds. misyjnych działającej w eparchii. Rok wcześniej wzniósł przy seminarium budynek wzorcowej szkoły publicznej.
Biskup mały|Sobór św. Izaaka w Petersburgu, miejsce ceremonii podniesienia biskupa Beniamina do godności metropolity 30 grudnia 1909 otrzymał nominację na biskupa pomocniczego eparchii petersburskiej z tytułem biskupa gdowskiego. Chirotonia miała miejsce w głównym soborze Ławry św. Aleksandra Newskiego w Petersburgu 24 stycznia 1910. Wśród konsekratorów byli metropolita petersburski i ładoski Antoni (Wadkowski), metropolita moskiewski Włodzimierz oraz arcybiskup jarosławski i rostowski Tichon. Początkowo był IV wikariuszem eparchii petersburskiej, od 1911 – III, od maja 1913 – II, zaś od marca 1914 – pierwszym. Od tego samego roku zasiadał we władzach wszechrosyjskiego bractwa trzeźwości św.