Leczenie należy przerwać, gdy nastąpi niebezpieczne podwyższenie aktywności aminotransferaz lub spadek klirensu kreatyniny. Podczas leczenia anagrelidem należy często monitorować morfologię krwi. Po przerwaniu podawania angrelidu poziom płytek krwi zacznie wzrastać po 4 dniach, a 10–14 dni później powróci do stanu sprzed rozpoczęcia leczenia. Zaleca się, by kobiety w wieku rozrodczym stosowały skuteczne metody antykoncepcji. Donoszono o kilku przypadkach wystąpienia kardiomegalii oraz zastoinowej niewydolności serca. Pacjenci w dowolnym wieku, u których stwierdzono lub podejrzewa się choroby serca, powinni być leczeni anagrelidem ze szczególną ostrożnością i tylko wtedy, gdy potencjalne korzyści przewyższają potencjalne ryzyko. Ze względu na ograniczone informacje odnośnie do bezpieczeństwa stosowania, zaleca się szczególną ostrożność podczas podawania anagrelidu pacjentom poniżej 18. roku życia. Badania na zwierzętach wykazały toksyczność wielokrotnych dawek anagrelidu, objawiającą się w postaci krwotoków podwsierdziowych i ogniskowej martwicy mięśnia sercowego. Anagrelid może również wykazywać szkodliwy wpływ na reprodukcję. W badaniach na szczurach lek powodował zwiększoną częstość resorpcji zarodków i obumierania płodów.