Interakcje Anagrelid metabolizowany jest głównie przy udziale CYP1A2. Inhibitory tego izoenzymu, takie jak fluwoksamina, omeprazol czy sok z grejpfruta, mogą teoretycznie wpływać niekorzystnie na usuwanie leku z organizmu. Anagrelid może powodować zwiększenie stężenia teofiliny i innych leków metabolizowanych przez CYP1A2.Anagrelid może nasilać działanie leków o właściwościach inotropowo dodatnich, czyli zwiększających kurczliwość mięśnia sercowego, takich jak: milrynon, enoksymon, amrynon, olprynol, cylostazol. Stwierdzono niesynergistyczne nasilenie działania kwasu acetylosalicylowego podczas równoczesnego podawania z anagrelidem.Anagrelid może zmniejszać wchłanianie doustnych środków antykoncepcyjnych.
Działania niepożądane Pacjenci leczeni anagrelidem najczęściej zgłaszają: bóle głowy (14%), kołatanie serca (9%), obrzęki i nudności (6%) oraz biegunkę (5%).