Afera Richardsona, wojna Satsumy z brytyjską Royal Navy (Satsu-Ei sensō), zakończona bombardowaniem Kagoshimy w 1863 r. oraz zamach stanu w Kioto z września tego samego roku, przekonały Ōkubo, że ruch tōbaku jest skończony. Skłoniło go to do działań w kierunku uformowania sojuszu skierowanego przeciw bakufu. W 1866 r. spotkał się z Takamorim Saigō i Takayoshim Kido (Kōinem Kido) z domeny Chōshū w celu zawarcia przymierza pomiędzy Chōshū a Satsumą (tzw. sojusz Satchō, Satsuma-Chōshū dōmei), stawiającego sobie za cel obalenie siogunatu Tokugawów.
thumb|left|Toshimichi Ōkubo
Restauracja Meiji W dniu 3 stycznia 1868 r. połączone siły Satsumy i Chōshū zajęły Pałac Cesarski w Kioto i ogłosiły restaurację Meiji (Meiji-ishin, dosł. odnowa Meiji). Triumwirat Ōkubo, Saigō i Kido stworzył rząd tymczasowy. Ōkubo został ministrem spraw wewnętrznych, co dało mu kontrolę nad nominacjami lokalnych urzędników i nowo utworzoną służbą policyjną.