Z początku nowy rząd musiał opierać się na środkach finansowych płynących z ziem odebranych Tokugawom. W gestii Ōkubo leżało mianowanie urzędników na tych terenach. Na wakujące stanowiska wyznaczał głównie młodych ludzi, czasem swoich przyjaciół (np. Masayoshiego Matsukatę), częściej tych, którzy odbyli edukację w Ameryce lub Europie. Ōkubo wykorzystał władzę, jaką dawało mu stanowisko ministra, aby wspierać rozwój przemysłu, budowę dróg, mostów, portów etc., a więc tych dziedzin, od których reżim Tokugawów się uchylał.
Jako minister finansów Ōkubo przeprowadził reformę podatku ziemskiego w 1873 r. oraz wprowadził zakaz noszenia mieczy (haitō-rei) w 1876 r. Doprowadził również do oficjalnego zakończenia dyskryminacji najniższej, odizolowanej kasty eta. W dziedzinie stosunków zagranicznych pracował nad rewizją traktatów nierównoprawnych, zawartych z państwami Zachodu przez bakufu i wziął udział w dyplomatycznej misji Tomomiego Iwakury do Stanów Zjednoczonych i Europy w latach 1871–1873.