Głównymi ośrodkami w czasach cesarstwa były Nikopolis i Buthrotum.

Jego tereny były wielokrotnie najeżdżane i zasiedlane przez Gotów, później Słowian, i grecki charakter kraju był stopniowo wypierany, ale nie został do końca zapomniany i zagubiony.

Średniowiecze Po upadku Konstantynopola w czasie czwartej krucjaty (1204) Epir znalazł się pod władzą krzyżowców. Po okresie zamieszania, Karol II Tocco, władca Cefalonii i Zante przyjął tytuł despoty Epiru.

W 1443 albański przywódca Skanderbeg poprowadził powstanie przeciwko Imperium Osmańskiemu i opanował większość Epiru. Po jego śmierci obszary te znalazły się w sferze wpływów Wenecji.

Czasy nowożytne Pod koniec XV wieku cały region został ponownie podbity przez Imperium Osmańskie, które rządziło Epirem przez następne 400 lat. Pod władzą osmańską Epir był podrzędną dzielnicą zamieszkaną przez prawosławnych Greków i Albańczyków oraz muzułmańskich Albańczyków i Turków.