Pod koniec XVIII wieku, w miarę zmniejszania się roli Imperium osmańskiego, Epir został praktycznie niezależnym regionem pod władzą Ali Paszy, albańskiego księcia, który otrzymał tytuł paszy (czyli gubernatora prowincji) w 1788. Jego wpływy roztaczały się na większość zachodniej Grecji i Albanię. Po wybuchu greckiej wojny o niezależność, Ali próbował stworzyć z Epiru niezależne państwo, ale został zamordowany przez osmańskich szpiegów w 1822.
Po odzyskaniu niepodległości przez Grecję, Epir pozostał pod władzą państwa tureckiego. Porozumienie Berlińskie z 1881 dało Grecji część Epiru, a reszta została przyłączona do Grecji dopiero w trakcie wojny bałkańskiej 1912–13. Następnie Grekom ciężko było pogodzić się z okolicznością, że zdobyta przez nich po ciężkich, przełamujących poważne umocnienia, walkach z turecką armią, częściowo greckojęzyczna, północna część Epiru przypadła Albanii.