Otwarcie drugiej szkoły przez przybyłych w 1350 roku kanoników regularnych (augustianów), wywołało ostry sprzeciw joannitów. Spór załagodził sam arcybiskup Arnoszt, który przyznał rację joannitom i nie zezwolił na utworzenie szkołyKłodzko. Dzieje miasta, pod red. R. Gładkiewicza, Kłodzko 1998, s. 44.. Spór został wznowiony w 1365 roku, kiedy kolejny arcybiskup praski, Jan Očko z Vlašimi wyraził zgodę na otworzenie przez kanoników regularnych szkoły dla szesnaściorga dzieci obywateli Kłodzka. W kolejnych latach liczba jej uczniów została zwiększona do dwudziestu czterechA. Herzig, M. Ruchniewicz, Dzieje Ziemi Kłodzkiej, Hamburg–Wrocław 2006, s. 48.. Ostatecznie spór został zażegnany w połowie XV wieku przez starostę Hynka Krušinę na korzyść augustianówPopularna Encyklopedia Ziemi Kłodzkiej, op. cit., s. 307..