Nowożytność Wraz z pojawieniem się humanizmu i reformacji w XVI wieku utworzenie nowej szkoły, odpowiadającej nowym ideom i poszukującą do ich realizacji nowych metod i treści dydaktycznych, stało się koniecznością dla władz miejskich. Stało się to w 1562 roku, kiedy powołano do życia szkołę humanistyczną, która w 1590 roku otrzymała status wyższej szkoły protestanckiej. Prezentowała ona dobry poziom, ponieważ jej absolwenci udawali się na studia m.in. do Krakowa, Marburgu, Heidelbergu, Strasburga i PragiKłodzko. Dzieje miasta, op. cit., s. 87..
Ważnym wydarzeniem było przybycie do miasta w 1597 roku jezuitów, którzy objęli probostwo i szkołę po kanonikach regularnych. W tym czasie prawdopodobnie założyli kolegium. W 1626 roku przejęli szkołę po joannitach, a w 1655 roku rozpoczęli budowę nowego gmachu według projektu włoskiego architekta Carlo Lurago, którego budowa trwała z przerwami 25 lat, do 1690 roku. W tym samym czasie w pobliżu, u zbiegu ulic Judengasse i Grünestrasse zaadaptowali pięć kamienic mieszczańskich, znacznie je przebudowując na potrzeby konwiktuW. Broniewski, Kłodzko. Śląsk w zabytkach sztuki, Wrocław 1970, s. 7., w którym w 1696 roku mieszkało 60 uczniów.