W roku 1863 sam Takasugi utworzył specjalną jednostkę Shotai, tzw. Kiheitai, i stanął na jej czele. W jej skład wchodziło ok. 300 żołnierzy, z których połowę stanowili samuraje. Wkrótce jednak Takasugi został uwięziony przez władze hanowe pod zarzutem propagowania ideologii sonnō jōi, która stała się ryzykowna po skierowanym przeciw Chōshū zamachu stanu w Kioto latem 1863.
Kryzys Jeszcze w tym samym roku władze Chōshū zostały zmuszone, by po raz kolejny zwrócić się do Takasugiego. Po tym jak Chōshū ostrzelało zachodnie okręty w cieśninie Shimonoseki 25 czerwca 1863, Brytyjczycy, Francuzi, Amerykanie i Holendrzy zbombardowali Shimonoseki, a następnie atak przypuściła francuska piechota morska. Walki ukazały słabość tradycyjnych japońskich oddziałów i przekonały władze hanowe o konieczności modernizacji armii. Do Takasugiego zwrócono się nie tylko w sprawie niezbędnej reformy wojskowej, lecz także z poleceniem poprowadzenia negocjacji pokojowych z zachodnimi potęgami - a miał wówczas zaledwie 25 lat.