Porażka Chōshū w starciu z zachodnimi mocarstwami przekonała Takasugiego, że otwarta konfrontacja z obcokrajowcami nie wchodzi w rachubę; zamiast tego Japonia powinna uczyć się od Zachodu, przyswajając sobie zachodnią myśl taktyczną i technologię. Takasugi zreorganizował swoje bojówki Kiheitai w oddziały strzeleckie wyposażone w nowoczesną broń i wprowadził nauczanie zachodniej strategii i taktyki. Użył także swoich wpływów w środowiskach zwolenników sonnō jōi, aby przeforsować bardziej ugodową politykę wobec Zachodu, przekształcając sonnō jōi w ruch stawiający sobie za cel obalenie bakufu, co miało być pierwszym krokiem do wzmocnienia Japonii od środka i uczynienia z niej godnego przeciwnika państw Zachodu.
Chōshū, osłabione przez atak zachodnich mocarstw, nie było w stanie stawić czoła ekspedycji karnej zorganizowanej przez bakufu jesienią 1864 w odwecie za próbę przejęcia kontroli nad Kioto przez siły Chōshū. Z początku we władzach hanu dominującą rolę odgrywali konserwatyści, dążący do ugody z shōgunatem, i Takasugi wraz z grupą innych radykałów musiał uciekać z hanu w obawie przed ponownym uwięzieniem. Takasugi z niespełna tuzinem towarzyszy, wśród których znaleźli się Aritomo Yamagata, Hirobumi Itō i Kaoru Inoue, znalazł schronienie w Kokurze na Kiusiu, gdzie opracował plan ataku na konserwatywne władze hanowe.