Przeciwnie – Generalny Plan Wschodni uznawał miejscową ludność za jedynie częściowo wartościową rasowo i zakładał jej przesiedlenie na obszary Rosji po zwycięskiej wojnie, a tereny państw bałtyckich miały być skolonizowane przez Niemców (którzy historycznie stanowili tam istotną część ludności). Niemcy nie byli zainteresowani również przyznawaniem im żadnej formy autonomii. Powstał samorzutnie jedynie kolaboracyjny rząd tymczasowy Republiki Litwy, którego premierem formalnie został wybrany Kazys Škirpa (faktycznie był on zatrzymany w Niemczech), lecz rząd ten nie miał realnej władzy i funkcjonował tylko do 5 sierpnia. Do administrowania terytoriami byłych państw bałtyckich Niemcy utworzyli Komisariat Rzeszy Wschód (Reichskommissariat Ostland), obejmujący też fragmenty terytorium Białorusi i przedwojennej Polski, który przejął administrację cywilną jesienią 1941 roku. Własność zagarnięta przez państwo radzieckie lub partię komunistyczną została co do zasady przejęta przez III Rzeszę zamiast zwrotu właścicielom. Brutalność i polityka okupantów oraz wojenna eksploatacja gospodarcza spowodowały następnie spadek poparcia dla III Rzeszy.