Zdaniem niektórych prezbiterian jest to nie do pogodzenia z kalwińską teologią przymierza do której odwołują się reformowani baptyści, a której klasyczne rozumienie chrztu w kategoriach zawarcia przymierza, logicznie łączy go ze starotestamentową praktyką obrzezania, która dotyczyła dzieci. Chrzest wiary w kościołach reformowano-baptystycznych objęty jest tymi samymi rygorami, które obowiązywały purytan chcących w wieku dojrzałym stać się pełnoprawnymi członkami zboru. Wymaga się od katechumenów złożenia świadectwa przez zborem i rozmowy ze starszym, który ma ocenić prawdziwość „przemiany życia” kandydata.
W przeciwieństwie do ewangelików reformowanych i prezbiterian, zaś podobnie do kalwinistów–kongregacjonalistów oraz baptystów, organizacja kościołów reformowano-baptystycznych opiera się na modelu kongregacjonalnym, którego podstawą jest autonomia równouprawnionych zborów oraz ustrój demokratyczny. Mimo tego, reformowani baptyści zachowują w dużej części prezbiteriańską terminologię organizacyjną, nadając jej nieco odmienne znaczenie przystające do obowiązującego ich ustroju kongregacjonalnego. Np. terminem prezbiterium określa się radę starszych, zrzeszającą wszystkich starszych danego zboru. Reformowani baptyści uznają baptystyczną zasadę dwóch urzędów zborowych, tj.