Historia Przed wybuchem wulkanu Thera istniała na wyspie rozwinięta cywilizacja (kultura minojska), której mieszkańcy opuścili w większości wyspę tuż przed – po wielkim trzęsieniu ziemi, które nawiedziło wyspę. Wybuch wulkanu przyczynił się prawdopodobnie również do znacznego zniszczenia położonej ponad 110 km (60 mil morskich) na południe Krety (pałac w Knossos). Współcześni badacze przypuszczają, że wybuch wulkanu i późniejsze jego zapadnięcie się na ok. 300–400 m pod powierzchnię obecnego poziomu morza spowodował powstanie olbrzymiej fali tsunami o wysokości dochodzącej do 200 metrów. Jedna z hipotez utożsamia zniszczoną wyspę z mityczną Atlantydą.
Zdaniem dr. Stevena Careya z University of Rhode Island erupcja wyrzuciła tak wiele popiołu, że opadając zasłonił on dopływ promieni słonecznych na całym obszarze basenu Morza Śródziemnego – co najmniej 300 tys. kilometrów kwadratowych. Jeszcze dziś pumeks wulkaniczny wokół archipelagu Santoryn tworzy warstwę grubości 80 m i pokrywa dno morskie w promieniu 20–30 km od wysp. Naukowcy oszacowali, że z krateru wulkanu wydostało się 60 km sześciennych magmy.
Po katastrofie przez 300–500 lat wyspa była niezamieszkana.