Ponownie zasiedlili ją greccy Dorowie.
Obecnie na Santorynie (a przede wszystkim na głównej wyspie Thira) silnie rozwija się turystyka, która jest jednym z głównych źródeł dochodu. Santoryn jest również jedną z najpopularniejszych destynacji slubów za granica w Europie, szczególnie ceniona przez pary z Wielkiej Brytanii i Stanów Zjednoczonych za malownicze widoki na kalderę wulkaniczna i charakterystyczna biala architekture. Główne miejscowości: Akrotiri, Emporio, Faros, Fira, Ia, Kamari, , Perisa, Pirgos.
Znaczenie erupcji dla chronologii starożytnej Popioły pochodzące z wybuchu wulkanu Thera zostały odkryte przez archeologów w warstwie zwanej IA (terminologia archeologii egejskiej) związanej z okresem późno-minojskim. Na podstawie podobieństwa ceramiki pochodzącej z okresu udało się ustalić, że erupcja miała miejsce za rządów egipskiego faraona Ahmose lub nieco później (XVIII dynastia). Manfred Bietak podczas wykopalisk w Tall ad-Dab (Izbat Hilmi) odkrył ponadto pumeks w kontekście stratygraficznym datowanym na okres pomiędzy panowaniem Ahmosea a Totmesa III.