W sezonie 2009 kontynuował starty za kierownicą Citroëna C4 WRC w drugim zespole Citroëna – Citroën Junior Team. Najlepszy wynik osiągnął w Rajdzie Grecji, w którym zajął 2. miejsce. Ostatecznie w klasyfikacji sezonu plasował się na 8. pozycji.
W 2010 roku, w dalszym ciągu startował w zespole Citroën Junior Team, a jego partnerem zespołowym był Kimi Räikkönen. Zaliczył też trzy starty w zespole Citroën Total World Rally Team. W sezonie tym odniósł dwa zwycięstwa: w Rajdzie Portugalii oraz Rajdzie Japonii. Ostatecznie w klasyfikacji generalnej mistrzostw zajął 4. miejsce.
W sezonie 2011 rozpoczął regularne starty w głównym zespole Citroëna – Citroën World Rally Team za kierownicą nowego auta – Citroëna DS3 WRC, a jego partnerem zespołowym był Sébastien Loeb. W sezonie odniósł pięć zwycięstw, w tym pierwsze na nawierzchni asfaltowej (Rajd Niemiec 2011). Kilka wypadków w sezonie pozbawiło go jednak większych zdobyczy punktowych i zajął trzecie miejsce w klasyfikacji generalnej. W trakcie sezonu jego relacje z Loebem uległy pogorszeniu z powodu poleceń zespołowych faworyzujących mistrza świata. Ogier nie był z tego zadowolony, czemu dał wyraz kilkukrotnie podczas wywiadów. Trzy dni po zakończeniu sezonu zespół ogłosił rozwiązanie obowiązującego jeszcze przez rok kontraktu z Ogierem.