W 1765 r. Bydgoszcz w wyniku porozumienia biskupów: włocławskiego Antoniego Kazimierza Ostrowskiego i gnieźnieńskiego Władysława Łubieńskiego znalazła się w archidiecezji gnieźnieńskiej, co spowodowało okresową degradację w systemie administracji kościelnej (likwidacja dekanatu i oficjalatu foralnego)Lech Łbik. Narodziny bydgoskiej parafii, średniowieczne świątynie, parafialny laikat, dekanat. Kronika Bydgoska – tom specjalny wydany z okazji wizyty papieża Jana Pawła II w Bydgoszczy. Bydgoszcz 1999..
Podczas konfederacji barskiej (1768-1772 r.) Bydgoszcz była wielokrotnie świadkiem przemarszu i koncentracji wojsk konfederackichFranciszek Mincer. Bydgoszcz i region w okresie konfederacji barskiej cz. 1. In. Kalendarz Bydgoski 1987.. W 1768 r. powstańcy rozpędzili urzędujący w Bydgoszczy Trybunał Wielkopolski, a 4 stycznia 1769 r. doszło pod miastem do potyczki, zakończonej zwycięstwem PolakówFranciszek Mincer. Bydgoszcz i region w okresie konfederacji barskiej cz. 2. In. Kalendarz Bydgoski 1988..