W następstwie reformacji w roku 1534 władzę nad Blaubeuren przejął luterański książę Ulrich von Württemberg, który dokonał rozwiązania klasztoru. Po śmierci ostatniego z opatów administratora klasztoru Blaubeuren Ambrosiusa Scheerera, siedziba zakonników została przymusowo przeniesiona do Markdorf. W okresie dekretu zwanego interim augsburskim kończącym I wojnę szmalkaldzką Blaubeuren odzyskali katolicy, ostatecznie jednak w ramach postanowień pokoju augsburskiego w 1555 kontrolę nad opactwem przejął syn Ulricha Christoph von Württemberg, stąd też w rok później założono w Blaubeuren Ewangelickie Seminarium Teologiczne. Na lata 1563–1570 przypada urzędowanie Matthäusa Albera pierwszego ewangelickiego opata i dyrektora szkoły klasztornej.
Obecnie klasztor wciąż pełni funkcję seminarium. Zachował się niemal cały komplet zabudowań z II połowy XV stulecia, który ma charakter późnogotycki. Kompleks ten składa się z zabudowań skupionych wokół czworobocznego wirydarza otoczonego krużgankiem, kapitularza, kaplicy chrzcielnej, kaplicy Św. Małgorzaty i kościoła klasztornego pw. Św. Jana Chrzciciela z kaplicami Św. Piotra i Św. Urbana.