Najważniejszą częścią kościoła jest prezbiterium nakryte sklepieniem sieciowym z cennym wystrojem, który tworzy zespół figur przyściennych, zespół stalli dzieło Jörga Syrlina Młodszego i wielkie retabulum ołtarza głównego w formie pentaptyku z monumentalnymi rzeźbami Michela Erharta dekoracjami Jörga Syrlina Młodszego i malowidłami pędzla Bartholomäusa Zeitbloma.
Ponadto dawny klasztor mieści dwa muzea – Muzeum Regionalne oraz Muzeum Schubarta, poświęcone pochodzącego ze Szwabii poecie Christianowi Friedrichowi Danielowi Schubartowi.
Galeria
Literatura Hermann Dilger, Kloster, Klosterschule und Seminar, [w:] Blaubeuren 700 Jahre Stadt, Blaubeuren 1967 Gerhard Dopffel (red.), Kloster Blaubeuren – 900 Jahre, Stuttgart 1985, . Immo Eberl (Hrsg.), Kloster Blaubeuren. 1085-1985. Benediktinisches Erbe und evangelische Seminartradition. Katalog wystawy, Sigmaringen 1985; Rainer Kahsnitz, Die großen Schnitzaltäre. Spätgotik in Süddeutschland, Österreich, Südtirol, Aufnahmen von Achim Bunz, Verlag Neue Zürcher Zeitung, Wersja PDF: Blaubeuren, ehemalige Abteikirche St. Johannes der Täufer, Hochaltar (31 stron.) Anna Moraht-Fromm, Wolfgang Schürle (Hrsg.): Kloster Blaubeuren.