Organy Prezes ANR Agencja była kierowana i reprezentowana na zewnątrz przez prezesa. Prezes był powoływany przez Prezesa Rady Ministrów na wniosek ministra właściwego do spraw rozwoju wsi. Prezes ANR kierował jej działalnością za pomocą wiceprezesów, dyrektorów zespołów Biura Prezesa i dyrektorów 11 oddziałów terenowych, reprezentował ją na zewnątrz i ponosił odpowiedzialność za realizację jej zadań.
Prezes ANR powoływał i odwoływał: dyrektorów zespołów w Biurze Prezesa, głównego księgowego, dyrektorów oddziałów terenowych, zastępców dyrektorów oddziałów terenowych i głównych księgowych w oddziałach terenowych – na wniosek dyrektorów tych ostatnich.
Prezes ANR także: miał możliwość zastrzec rozstrzygnięcie każdej sprawy do swojej wyłącznej decyzji, tworzył i znosił filie oddziałów terenowych – na wniosek dyrektorów tych ostatnich, miał możliwość powierzenia w formie pisemnej prowadzenia każdej sprawy należącej do zakresu działania jednego oddziału terenowego innemu albo Biuru Prezesa, udzielał pełnomocnictw dyrektorom oddziałów terenowych do dokonywania wszelkich czynności prawnychWyjątkiem były czynności, dla których wymagane było szczególne pełnomocnictwo.