Kolejne zniszczenia murów miejskich miały miejsce podczas wielkiej wojny północnej. Z opisu miasta z 1717 roku wynika, że poważnie zrujnowane były fragmenty murów miejskich. Z upływem czasu fortyfikacje miejskie nie poddawane, z wyjątkiem Bramy Kujawskiej poważniejszym naprawom i modernizacjom, popadały w ruinę. Dokładna inwentaryzacja miasta przeprowadzona przez władze pruskie w 1774 roku wykazała przerwy w linii murów w części centralnej i w okolicy Bramy Kujawskiej.
Rozbiórka fortyfikacji w XIX wieku Po zajęciu miasta przez Prusy w 1772 roku przystąpiono do odbudowy zniszczonych częściowo murów i bram, ale nie miały one już pełnić funkcji obronnych, a tylko uniemożliwić dezercję żołnierzy z miejscowego garnizonu. W latach 1780–1787 uzupełniono ubytki w ten sposób, że mur stanowił ponownie ciągłą linię od strony południowej miasta. Bramy przekształcono na rogatki miejskie, przy których urzędowali pisarze poborowi.
Podczas Powstania Kościuszkowskiego w 1794 roku bydgoskie fortyfikacje po raz ostatni stały się celem akcji militarnej, kiedy to miasto zostało oblężone przez wojska polskie pod wodzą generała Henryka Dąbrowskiego.