Szturm, poprzedzony ostrzałem artyleryjskim zakończył się po kilkugodzinnej walce kapitulacją załogi pruskiejpatrz Bitwa pod Bydgoszczą.
Na początku XIX wieku rozpoczął się szybki proces niszczenia fortyfikacji. Już około 1800 roku zasypano Fosę miejską i założono w niej ogrody, później wyburzono wschodnie i środkowe partie murów i wybudowano budynki mieszkalne. W części zachodniej natomiast fragmenty muru adaptowano na ściany nośne kamienic. Do 1820 roku rozebrano dwie bramy miejskie: Gdańską i Kujawską. Ostatnia – Poznańska dotrwała do 1828 roku.
Mury, baszty i bramy traktowano jako rezerwuar surowca dla nowo wznoszonych domów. Pozyskany z nich materiał posłużył do budowy kamienic oraz loży masońskiej i synagogi. W połowie XIX wieku duże partie murów zostały już rozebrane. Pozostałości były natomiast wykorzystywane jako ściany szczytowe lub elementy nośne wznoszonych przy ul. Pod Blankami budynków. Nieliczne fragmenty muru dotrwały szczęśliwie do czasów obecnych.