W 1707 roku przeszedł na emeryturę z powodu złego stanu zdrowia. W ostatnich sześciu latach życia cierpiał na bolesne ataki podagry, zawroty głowy i chwilowe zaniki pamięci. W październiku 1708 roku, po bardzo bolesnym ataku podagry, zwierzył się przyjaciołom, że „wkrótce odejdzie do domu” (umrze) i cztery dni później zmarł. Na godzinę przed śmiercią zwierzył się swojemu bliskiemu przyjacielowi Johannesowi a Marck, że umiera w wierze w Chrystusa, w której wytrwał od młodości.
Charakterystyka postaci Witsius był bardzo zdolnym i wpływowym teologiem, rzetelnym kaznodzieją, egzegetą, historykiem i polemistą. Wywarł wpływ na wielu teologów, zarówno w kraju, jak i poza jego granicami: Campegiusa Vitringa i Bernardusa Smytegelta, Friedricha Lampe w Niemczech, a także Thomasa Bostona i braci Erskine (Ralpha i Ebenezera) w Szkocji. James Hervey rekomendował Witsiusa jako „jednego z najznakomitszych autorów, którego wszystkie dzieła mają subtelność budowy, a także słodką woń świętości, [niczym] złota miska z manną – na zewnątrz lśniąca od złota, zaś w środku pełna niebiańskiego pokarmu”S. 814..