Kolejny wzrost gospodarczy rozpoczął się po 1700 roku i trwał do wybuchu wojny siedmioletniej, od 1717 miasto było stolicą powiatu. Od 1759 roku przez siedem lat miasto ponownie było siedzibą rządu Nowej Marchii. Po 1767 roku Bramy Świecka i Barnkowska zostały częściowo rozebrane, a pozyskany z nich budulec przeznaczono na budowę koszar. W XVIII w. powstał browar, garbarnie i pierwsza w mieście drukarnia. mały|Chojna ok. 1900 r. W 1806 Chojna kolejny raz została tymczasową siedzibą władz Nowej Marchii. Podczas wojen napoleońskich miasto zostało w 1806 zdobyte przez Francuzów. Do połowy XIX wieku jedną z gałęzi przemysłu w mieście było przetwarzanie bawełny i tkactwo, ale rozwój mechanizacji spowodował upadek tego rzemiosła. Od 1809 roku Chojna staje się siedziba powiatu, w 1820 roku rozbiórce ulega część budynków dawnego klasztoru. W 1877 roku przez miasto przebiega linia kolejowa łącząca Szczecin z Kostrzynem co powoduje niebywały rozwój miasta. Rozwija się przemysł, handel i szkolnictwo. Miasto staje się ważnym ośrodkiem handlowym o znaczeniu ponadregionalnym.