Na wysepce znajdowały się także magazyny oraz kwatery gościnne dla oficjeli japońskich. Personel japoński, jak tłumacze (tradycyjnie rodzina Motoki), czy dostawcy żywności byli opłacani przez Kompanię. Holendrzy płacili także „czynsz” za korzystanie z tego skrawka ziemi, wynoszący wówczas ok. 8,5 tys. guldenów rocznie.
Działalność Holendrów oraz ich kontakty były pod pełną kontrolą Edo, poprzez specjalnego . Każdy statek podlegał inspekcji, a broń składano do depozytu. W czasie postoju odbierano żagle, czy też wymontowywano ster. Żadne chrześcijańskie obrzędy religijne nie były dozwolone na wyspie. Przy schodzeniu na ląd zamorscy goście byli zmuszani do , czyli przechodzenia po katolickim, świętym obrazie.
Pomimo licznych restrykcji i obciążeń finansowych handel z Japonią był dla kupców holenderskich korzystny. Jego skala ulegała jednak z czasem osłabieniu w wyniku zarówno sytuacji w Europie, jak i zarządzeń siogunatu. Początkowo przybijało do Dejimy 5-7 statków rocznie, od 1715 tylko 1-2. Po bankructwie Kompanii w 1795 r. handel z wyspą został przejęty przez władze państwowe Holandii. Przybywał wówczas tylko jeden statek, co roku lub rzadziej. Były to dla Niderlandów trudne czasy wojen napoleońskich.