Okupacja francuska (1811-1814) oraz utrata posiadłości kolonialnych w Azji na rzecz Wielkiej Brytanii spowodowały, że Dejima była wówczas jedynym miejscem na świecie, gdzie powiewała flaga holenderska.
thumb|Dejima na początku XXI wieku
Handel z Japonią obejmował wiele towarów. Holendrzy przywozili z Azji do Japonii m.in. jedwab, cukier, skóry, a z Europy tekstylia, wyroby bawełniane i szklane. Kupowali u Japończyków miedź i srebro. Bardzo opłacalna dla Holendrów była różnica w relacji między srebrem a złotem – 5:1 w Japonii, przy 15:1 w Europie. Obok tej wymiany doszło do ubocznego zjawiska o istotnym jednak znaczeniu poznawczym dla Europy i Japonii. Kontakty osobowe (łagodzone w późniejszym okresie przez siogunat) doprowadziły do wzrostu zainteresowania Japończyków wiedzą Zachodu. Zaczęły docierać instrumenty naukowe oraz przede wszystkim książki, które przyczyniły się do rozwoju tzw. , czyli poznania przez Japończyków m.in. języka, europejskiego kalendarza, astronomii, anatomii i medycyny.