Dzięki swej okazałości i monumentalności świątynia stanowi dominantę wschodniej części Starego Miasta w Bydgoszczy.
Jest to kościół orientowany, jednonawowy z węższym od nawy prezbiterium zamkniętym prostą ścianą. Do boków prezbiterium przylegają symetrycznie rozmieszczone aneksy. W północno-wschodni narożnik kościoła wkomponowano kaplicę pw. Najświętszej Marii Panny. Od zachodu dominantę stanowi wysoka wieża zwieńczona iglicą, ujęta szczycikami i wieżyczkami. Elewacje obiega ceglany fryz kordonowy. Wnętrze nakryte jest sklepieniami kryształowymi z gurtami. W fasadzie znajduje się bogato profilowany portal, zamknięty trójkątnym szczytem z wimpergą. Elewacje urozmaicone są ostrołukowo zamkniętymi blendami i oknami o różnorodnych wykrojach, szczytami zdobionymi sterczynami. Pierwotnie główne wejście do świątyni flankowała para kamiennych rzeźb przedstawiających klęczące anioły.
Wyposażenie Ołtarz W prezbiterium znajduje się duży obraz św. Andrzeja Boboli, będący kopią obrazu z poznańskiego kościoła Ojców Jezuitów.