Organy Największym zabytkiem kościoła są 42-głosowe (początkowo 48-głosowe, jedne z największych na Kujawach i Pomorzu a zarazem największe w Bydgoszczy) zabytkowe organy skonstruowane w 1903 roku przez znaną firmę Wilhelma Sauera, remontowane i przebudowane przez Josefa Goebla z Gdańska w roku 1940. Remont instrumentu przeprowadzono w 1947 r. przez bydgoską firmę P. Sobiechowskiego oraz w latach 1998-1999 r. przez organmistrza Stanisława Broszko.
Imprezy Od 2001 r. w kościele odbywają się Bydgoskie Wieczory Organowe, które na trwałe wpisały się już w życie muzyczne Bydgoszczy. Sprzyja temu dobra akustyka wnętrza świątyniKuberska Inga: Architektura sakralna Bydgoszczy w okresie historyzmu. Materiały do dziejów kultury i sztuki Bydgoszczy i regionu. Zeszyt 3. Bydgoszcz 1998. Koncerty są nawiązaniem do przedwojennej tradycji organizowania w świątyni koncertów symfonicznych i recitali słynnych organistów.