Podczas II wojny światowej Kilonia nadal była wielką bazą marynarki i centrum przemysłu stoczniowego III Rzeszy. W okolicach miasta znajdowały się liczne obozy pracy przymusowej, dające miejscowym zakładom przemysłowym darmową siłę roboczą. Ze względu na swój status portowego miasta i ośrodka budowy okrętów podwodnych, Kilonia była celem ciężkich bombardowań alianckich, które doprowadziły do zniszczenia ponad 80% pozostałości starego miasta, 72% śródmiejskich dzielnic mieszkalnych i 83% obszarów przemysłowych. W nocy 23/24 lipca 1944 roku samoloty myśliwskie Luftwaffe próbowały przechwycić grupę samolotów RAFu, która była jedynie przynętą, podczas gdy siły główne zaatakowały miasto; efektem tego nalotu był brak wody przez trzy dni; tramwaje i autobusy nie kursowały przez osiem dni, a gazu do gotowania nie było przez trzy tygodnie, Royal Air Force Bomber Command 60th Anniversary site.Dostęp 4 maja 2007. W okresie od 20 lutego do 20 kwietnia 1945 roku kilkakrotnie bombardowany był obszar portu;