Zwieńczenie sezonu miało miejsce w kolejnej azjatyckiej miejscowości – Sapporo, w której odbył się bieg łączony na dystansie 2 × 7,5 km, który ukończyła na 10. miejscu.
Łącznie w owym sezonie zdobyła 392 punkty, zajmując 13. miejsce w klasyfikacji generalnej.
Sezon 2006/2007 Tour de Ski 2006/2007 31 grudnia 2006 przystąpiła do rywalizacji w Tour de Ski, którą rozpoczęła od zajęcia 53. miejsca w sprincie stylem dowolnym. W dwóch kolejnych zawodach rozgrywanych w Niemczech uplasowała się na 19. i 12. pozycji.
Sezon po Tour de Ski 27 stycznia 2007 w Otepää po raz pierwszy w karierze zwyciężyła w zawodach narciarskiego Pucharu Świata (jako pierwsza Polka w historii), zajmując pierwsze miejsce w wyścigu na dystansie 10 km stylem klasycznym. Następnego dnia uplasowała się na siódmym miejscu w sprincie.
Podczas mistrzostw Polski zajęła pierwsze miejsce w biegu sprinterskim i sztafetowym (z Kornelią Marek, Aleksandrą Prekurat i Sylwią Jaśkowiec). Poza tym osiągnięciem raz zajęła czwarte i raz piąte miejsce. W łącznej klasyfikacji Pucharu Świata za sezon 2006/2007 zajęła ósme miejsce, zdobywając 484 punkty.