Na końcu tego sezonu drużyna zaliczyła jedyny w historii start w europejskich pucharach, przegrywając dwa razy 0:2 z tureckim zespołem Samsunspor w trzeciej rundzie Pucharu Intertoto. Sezon Crystal Palace zakończyli z poważnymi problemami finansowymi i weszli na dwa lata pod zarząd administracyjny. W lipcu 2000 roku nowym właścicielem klubu został Simon Jordan, wyprowadzając Palace z zarządu administracyjnego.
W 2004 roku drużyna awansowała do finału baraży o Premier League, gdzie na stadionie Millenium w Cardiff pokonała 1:0 West Ham United. Pobyt w Premier League zakończył się znowu po roku. Od sezonu 2005/06 drużyna nieprzerwanie występuje na drugim stopniu rozgrywek. W 2006 i 2008 roku Palace zakwalifikowali się do baraży o Premier League, jednak w półfinałach przegrali odpowiednio z Watford w 2006 roku i z Bristol City w 2008. W sezonie 2009/2010 do klubu ponownie wszedł pod zarząd administracyjny. W połowie rozgrywek drużynie odjęto 10 punktów, co zmusiło Palace do heroicznej walki o utrzymanie do ostatniej kolejki, gdzie w decydującym starciu na stadionie Hillsborough z ekipą Sheffield Wednesday zremisowali 2:2 zapewniając sobie utrzymanie po bramkach Alana Lee i Darrena Ambrose’a. W lecie 2010 klubowi groziła likwidacja. Został on jednak przejęty przez konsorcjum CPFC2010, co pozwoliło Palace przetrwać.