Po zakończeniu wojny, w sezonie 1948/1949 klub wygrał rozgrywki Second Division i awansował do najwyższej ligi piłkarskiej w Anglii. Po trzech latach ponownie spadł do drugiej ligi, a po siedmiu kolejnych sezonach powrócił do First Division. Pod koniec lat 60. klub przeżył spadek formy – w ciągu dwóch lat trafił do trzeciej ligi. Szybko jednak awansował do Second Division, gdzie grał do 1980 roku, kiedy to ponownie został zdegradowany do niższej ligi.
Po kilkunastu latach gry, Fulham roku spadł do czwartej ligi w 1994. Trzy lata później zdołał awansować o ligę wyżej, a w sezonie 1999/2000 występował w drugiej lidze. Rok później klub wygrał rozgrywki ligowe i awansował do Premier League. W roli beniaminka zespół zajął 13. miejsce. W rozgrywkach FA Cup, Fulham dotarł do półfinału, ale po konfrontacji z Chelsea, odpadł z rozgrywek. 17 kwietnia 2003 r., z funkcji menedżera zespołu zwolniony został Jean Tigana, a posadę zajął Chris Coleman.