Kolejne rozgrywki Premier League dla klubu ze stolicy były bardziej udane, pod względem wyników w lidze. Najlepszym strzelcem został Louis Saha, który zanotował 13 trafień (rozgrywki Premier League). 18 lipca 2004 roku do londyńskiego klubu dołączył napastnik Andrew Cole, wcześniej występujący m.in.: w Manchesterze United i Arsenalu. W sezonie 2006/2007 z funkcji trenera klubu został zwolniony Chris Coleman, a na jego miejsce chwilowo zatrudniono Lawriego Sancheza. Pod koniec grudnia funkcję stałego trenera objął Roy Hodgson. Pod jego wodzą Fulham w sezonie 2008-9 zajęło siódme miejsce w Premier League.
W sezonie 2009/2010 klub zajął 12. miejsce w lidze oraz dotarł do finału Ligi Europy, w którym przegrał 1:2 z Atlético Madryt. W dniu 29 lipca 2010, na stanowisko trenera został mianowany Mark Hughes. Największą sensacją tego sezonu była wygrana 4:0 z Tottenhamem. W dniu 2 czerwca 2011 Hughes zrezygnował z pracy w Fulham. Klub ostatecznie zajął 8. miejsce w lidze.
7 czerwca 2011 roku Martin Jol podpisał 2-letni kontrakt z Fulham. Pierwszy mecz nowy menedżer rozegrał w Lidze Europy, wygrywając to spotkanie 0:3. W lidze zaś chwalono Jola za zwycięstwo z Queens Park Rangers 6:0. W pucharze Anglii Fulham odpadło w 4. rundzie przegrywając z Evertonem 2:1.
W sezonie 2012/2013 Fulham zajęło 12.