Prawdopodobnie w XII wieku erygowano parafię. Była to fundacja możnowładcza, na co wskazuje istnienie grupy kanonickiej przy kościele oraz uposażenie w dziesięciny ze wsi Orłowo i Sielce, będących własnością Powałów. Pierwsza wzmianka o plebanie Janie z Wyszogrodu pochodzi z 1198 r., kiedy to występował on przy konsekracji świątyni w Świeciu.
Kościół wyszogrodzki pełnił rolę kościoła parafialnego dla znacznego obszaru. Do jego zadań należała obsługa duszpasterska sporego terytorium tutejszego władztwa Powałów, przekształconego następnie w książęcą kasztelanię wyszogrodzką. Władztwo to rozciągało się wzdłuż obu brzegów Wisły i ujściowej Brdy, od okolic Solca Kujawskiego na południu po Dobrcz i Niewieścin na północy. Jednakże w konkretnych warunkach osadniczych i demograficznych północnych Kujaw, granice owego władztwa i późniejszej kasztelanii wyznaczać mogły zaledwie minimalny zasięg oddziaływania omawianego kościoła.