Rola kościoła zmieniła się, kiedy Wyszogród uległ zniszczeniu w wyniku najazdu armii krzyżackiej w maju 1330 r. Dawny gród już nie został odbudowany. Zachowała się jedynie osada wiejska i odbudowana dzięki fundacji księcia słupskiego Kazimierza świątynia. W 1349 r. nie była jeszcze konsekrowana i nosiła po dawnemu tytuł św. Marii Magdalenydokument z 1349 r. uchodzi za falsyfikat (powstały ok. 1413 r.) z uwagi na niezgodność tytulatury księcia Kazimierza z datą wystawienia. Jej duchowni kontynuowali pracę duszpasterską i są wymienieni w dokumentach z lat: 1349, 1375 i 1382.
W końcu XIV wieku rozpoczyna się kariera miasta Fordonu, które powstało ok. 2 km na wschód od Wyszogrodu. Pierwszą lokację przeprowadził książę Władysław Opolczyk 21 października 1382 r. i drugą Władysław Jagiełło 4 lipca 1424 r. W obu dokumentach zostały potwierdzone, a nawet rozszerzone przywileje kościoła. Do czasu aktu lokacyjnego Jagiełły w 1424 r. opiekę duszpasterską nad mieszkańcami miasteczka sprawowali nadal księża kościoła św. Marii Magdaleny. Na nabożeństwa mieszczanie udawali się do Wyszogrodu. Później mieszczanie podjęli starania o wybudowanie własnego kościoła parafialnego.