Pierwsza świątynia w Fordonie została wybudowana przed 1435 r., gdyż pod tą datą wymienia się pierwszego miejscowego księdza Piesheńskiego.
Prawdopodobnie w tym czasie świątynia w Wyszogrodzie straciła rangę parafialną na rzecz kościoła fordońskiegona początku XVI wieku parafia fordońska obejmowała miasteczko, a także wsie: Łoskoń, Pałcz, Wyszogród oraz wsie dawnej parafii wyszogrodzkiej: Siersko (Siernieczek), Jarużyn, Miedzyń, i Strzelce. W tym samym czasie rozpoczął się proces wyludniania wsi Wyszogród, który doprowadził w końcu XV wieku do przekształcenia tego obszaru w niezamieszkane pola uprawne, będące własnością mieszczan fordońskich.
Świątynia filialna Kościół wyszogrodzki, opuszczony w XV wieku, stał jeszcze ponad 150 lat na otwartym polu w pobliżu Wisły. Wizytator parafii z 1582 r. opisał go jako opuszczony, zrujnowany i otwarty, pełniący rolę zagrody dla zwierząt. Obok kościoła znajdował się stary cmentarz i kostnica. Mimo tego w końcu XVI w. w kościele odbywały się trzy msze św. w roku. Były to msze odpustowe, lecz nie wiadomo kiedy się odbywałyodpust św. Magdaleny przypada 22 lipca. Przyczyny ruiny kościoła należy upatrywać w przeniesieniu centrum życia parafialnego z Wyszogrodu do FordonuZyglewski Zbigniew: Wyszogrodzki kościół i grodzisko w XIV-XVIII wieku: Promotio Historica.