W lutym 1989 wojsko postawiło ultimatum premierowi Sadikowi al-Mahdiemu – mógł podpisać porozumienie pokojowe lub zostać pozbawiony władzy siłą. Premier zdecydował się powołać nowy rząd z DUP i podpisał porozumienie wynegocjowane przez SPLA/DUP. Zgromadzenie Konstytucyjne było wstępnie planowane na wrzesień 1989.
Jednakże 30 czerwca 1989 kilku oficerów wojskowych pod przewodnictwem płk. Umara al-Baszira dokonało zamachu staniu. Przy wsparciu Islamskiego Frontu Narodowego rozwiązano rząd, na którego miejsce powstała muzułmańsko-arabska junta wojskowa składająca się z 15 funkcjonariuszy (zmniejszona do 12 w 1991). Umar al-Baszir został jednocześnie prezydentem, premierem i szefem narodowych sił zbrojnych.
Nowy rząd zakazał działalności związkom zawodowym, partiom politycznym oraz innym „niereligijnym” instytucjom. Około 78 000 członków wojska, policji i administracji cywilnej zostało usuniętych ze stanowisk w celu przekształcenia instytucji podległych rządowi.