W marcu 1991 został wprowadzony nowy kodeks karny, zakładający zbiorową odpowiedzialność za indywidualne przestępstwa oraz drakońskie kary, tj. ukamienowanie, krzyżowanie czy amputacje rąk i nóg. Chociaż oficjalnie prowincje południowe były zwolnione z tych sankcji islamskich, ustawa z 1991 przewidywała możliwość przyszłego stosowania tego prawa na południu. W 1993 rząd rozpoczął przenoszenie wszystkich niemuzułmańskich sędziów z południa na północ, zastępując ich muzułmańskimi odpowiednikami.
1991–2001 Szacuje się, że aż 200 tys. mieszkańców południowego Sudanu zostało wziętych do niewoli, głównie podczas najazdów wojsk północnych na miasteczka i wsie. Pod pretekstem walki z rebeliantami rząd Sudanu rozmieścił na południu milicje oraz regularne siły zbrojne, które miały za zadanie notoryczne ataki i rajdy na wioski w celu pozyskania niewolników i bydła.
SPLA kontrolowało kilka dużych obszarów takich jak Ekwatoria, Bahr al-Ghazal oraz A’ali an-Nil; prowadziła także operacje w południowej części Darfuru, Kordofanu czy dorzeczu Nilu Błękitnego. Pod kontrolą rządu było kilka największych miast leżących ma południu, w tym Dżuba, Wau oraz Malakal. Nieformalne zawieszenie broni trwające od maja, zostało pogwałcone w październiku 1989.