Gdy Sudan został włączony w obręb Imperium Brytyjskiego jako kolonia, administracja w północnych i południowych prowincjach była prowadzona oddzielnie, powodując dalsze podziały wśród ludności. Południowa część kraju była bardziej podobna do innych kolonii wschodniej Afryki – Kenii, Tanganiki czy Ugandy; natomiast północny Sudan miał więcej wspólnego z arabskim Egiptem.
Jednak w 1946 administracja brytyjska rozpoczęła próbę integracji obu regionów. Arabski został językiem urzędowym na terenie całego kraju. Południowa elita, mówiąca w języku angielskim, zaakceptowała zmianę pod warunkiem szerokiej autonomii oraz własnego rządu. Po dekolonizacji większość władzy pozostała w rękach północnych elit z siedzibą w Chartumie, wywołując niezadowolenie na południu.
W 1955 rozgoryczenie spowodowane dominacją muzułmanów arabskich doprowadziło do buntu wśród żołnierzy w południowej prowincji Ekwatoria. Rebelianci zarzucali rządowi w Chartumie niewywiązanie się z obietnicy złożonej Wielkiej Brytanii – stworzenia systemu federalnego.