Przez następne 17 lat w południowych prowincjach dochodziło do wielu protestów społecznych oraz postulatów żądających autonomii regionalnych lub bezwarunkowych secesji.
Kolejnym czynnikiem konfliktogennym było nierównomierne występowanie zasobów naturalnych w Sudanie, w którym to właśnie na południu istnieją znaczne zasoby ropy naftowej. Przychody ze sprzedaży ropy stanowiły około 70% eksportu Sudanu. Ze względu na liczne dopływy Nilu i większą liczbę opadów, a tym samym większy dostęp do wody, ziemia w Sudanie Południowym jest bardziej urodzajna w przeciwieństwie do północy kraju, znajdującej się na skraju Sahary. Chęć północy do kontroli nad tymi zasobami, a na południu sprzeciw i ochrona własnych zasobów w dużej mierze przyczyniła się do wojny. Równolegle w czasie trwania konfliktu dochodziło do starć między głównymi plemionami południa, Dinków i Nuerów.
Rozpoczęcie konfliktu