W 1975 r. Ministerstwo Nauki, Szkolnictwa Wyższego i Techniki powierzyło Instytutowi Historii UAM koordynację Problemu Resortowego Badań Podstawowych nt. Zagadnienia historii Niemiec i stosunków słowiańsko-germańskich i niemiecko-polskich. Koordynatorem głównym został wyznaczony prof. A. Czubiński. W 1986 r. profesor został koordynatorem I stopnia Centralnego Programu Badań Podstawowych nt.: Polacy-Niemcy. Tradycje i dążenia. W wyniku realizacji całości tematyki wchodzącej w skład problemu uformował się zespół 30 samodzielnych pracowników naukowych z 6 dużych, krajowych ośrodków niemcoznawczych, prowadzący wspólne prace nad wytyczaniem dla tych badań nowej perspektywy. Ważną rolę odegrały liczne sesje, sympozja i spotkania naukowe organizowane w Uniwersytecie im. Adama Mickiewicza przez głównego koordynatora.
Współpracował z regionalnymi towarzystwami naukowymi i kulturalnymi. Był popularyzatorem wiedzy historycznej, utrzymując ścisłe kontakty z lokalnymi towarzystwami kulturalnymi i historycznymi, zwłaszcza w Wielkopolsce (w Gnieźnie, Koninie, Lesznie, Pile, Śremie), a także w Koszalinie, Opolu, Szczecinie i Zielonej Górze.
W latach 80. XX wieku zarzucono mu dokonanie plagiatu z pracy zbiorowej, której redaktorami byli prof. Tadeusz Cegielski i prof. Włodzimierz Borodziej.