Opublikowane w numerze 39/40, po upadku rządu Jana Olszewskiego w lipcu 1992, oświadczenie popierające lustrację pociągnęło za sobą rezygnację Kołakowskiego i Podhoretza z rady patronackiej. Redakcja ogłosiła następnie prawicowy manifest O ład moralny w Rzeczypospolitej.
W 1994 Nowak samodzielnie sfinansował wydanie numeru 52, poświęconego nauczaniu Jana Pawła II i obronie życia poczętego, do czego asumptem była zwłoka w przekazaniu środków ze strony Polkowskiego jako szefa wydawnictwa Arka-Press, prawdopodobnie na tle niechęci tego ostatniego wobec radykalnej linii redakcyjnej. W odpowiedzi Polkowski wszczął sprawę sądową o przywłaszczenie tytułu prasowego (ostatecznie umorzoną), zdymisjonował Nowaka i na jego miejsce powołał Andrzeja Chwalbę, który przy poparciu Terleckiego i Plesnara zapowiedział powrót do profilu ideowego sprzed 1991. Większość składu redakcji opuściła pismo wraz z Nowakiem i od grudnia 1994 kontynuowała działalność przy ul. Dunajewskiego pod nowym szyldem „Arcanów” na bazie założonego w 1994 wydawnictwa Arcana. Redagowana przez Chwalbę, a następnie od początku 1995 przez Andrzeja Urbańskiego „Arka” nie zyskała uznania czytelników i zakończyła działalność w połowie 1996.