Po krótkim czasie spółce tej powierzono również zarządzanie stacjami na całej trasie kolei aglomeracyjnej, gdyż zwycięska wcześniej w osobnym do tego celu przetargu SJ nie chciała zgodzić się na warunki SL, zakładające niepowierzanie tego celu podwykonawcom.

Pierwsze problemy pojawiły się przy pozyskiwaniu maszynistów do obsługi sieci. Negocjacje między nową spółką, SJ i związkiem zawodowym przedłużały się aż do dnia przed rozpoczęciem obsługi sieci. Strony z wielu przyczyn nie potrafiły znaleźć porozumienia, między innymi nie było oficjalnych wykazów maszynistów obsługujących trasę kolei aglomeracyjnej. Wielu maszynistów zresztą obsługiwało te trasy równolegle pracując na innych pociągach, w tym ekspresowych i towarowych. Ostatecznie „Citypendeln” rozpoczęło przewozy z niedoborem pracowników.

Linie Linia Stacja początkowaStacje pośrednieStacja końcowa Czas podróży Długość Liczba stacji Uppsala CArlanda C – Solna – Sztokholm Odenplan – Sztokholm Miasto – Älvsjö – Södertalje hamn Södertälje C 103 min 24 Märsta Solna – Sztokholm Odenplan – Sztokholm Miasto – Älvsjö – Södertalje hamn Södertälje C 84 min 23 BålstaBro – Jakobsberg – Sztokholm Odenplan – Sztokholm Miasto – Jordbro – Västerhaninge – ÖsmoNynäshamn107 min30Södertälje CSödertälje syd – Järna – MölnboGnesta24 min6