Nazwa Rumia wielokrotnie pojawiała się w dokumentach książąt i władców XII i XIV wieku, m.in. w związku ze sporem klasztorów oliwskiego i żukowskiego o Kępę Oksywską. Diecezją włocławską rządził wówczas biskup Wolimir. Gdy ziemie pomorskie opanowali Krzyżacy w 1308/09 r., Zagórze stało się własnością krzyżacką. Rumia zaś pozostała własnością opactwa cysterskiego w Oliwie do 1772 r. Czas rządów Krzyżaków dla Rumi był bardzo trudny. Wypływało to z dążenia zakonu do osłabienia pozycji cystersów. Wśród wielu wystąpień ludności przeciw Krzyżakom odnotowano i takie, że w latach 1325–1327 pleban kościoła w Rumi wraz z innymi zakonnikami cysterskimi brał udział w akcji wymierzonej przeciwko Krzyżakom.
Dokumenty wizytacyjne z 1583 r. mówią o kościele parafialnym pod wezwaniem św. Stanisława istniejącym od XIII w. i podają jego opis, wymieniają też wybudowaną w 1570 r. plebanię wraz z zabudowaniami gospodarczymi. Wzmiankują istnienie od 1474 r. kaplicy św. Krzyża, która znajdowała się u wejścia do wsi. Była ona odwiedzana przez wiernych w dni Podniesienia i Znalezienia Krzyża Świętego. Zachowane pisemne sprawozdania wizytacji parafii rumskiej z lat 1686–1687, 1701, 1766 i 1781 pozwalają na odtworzenie wyglądu i stanu kościoła parafialnego pod wezwaniem św. Stanisława i Krzyża Świętego oraz plebanii w drugiej połowie XVII i XVIII wieku.