1 września 1945 r. pracę w parafii rozpoczęli księża salezjanie. Pierwszym proboszczem salezjańskim został ks. Ludwik Warnecki, który pełnił posługę w Rumi do 1949 r., kiedy proboszczem został mianowany ks. Jan Cybulski. Z jego inicjatywy wykonano prace remontowe kościoła: zamontowano na wieży 2 dzwony, naprawiono dach, założono w świątyni sieć elektryczną, zainstalowano nagłośnienie, zamontowano urządzenia grzewcze, wykonano remont organów, wyremontowano chór i ołtarze, pod kierunkiem prof. Mariana Schwartza pomalowano wnętrze kościoła, wstawiono ołtarze. W tamtym czasie powiększono również teren cmentarza. Pismem z 3 października 1957 r. ks. bp Kazimierz Kowalski przekazał parafię na własność zgromadzeniu salezjańskiemu.
W latach 90. przeprowadzono kolejne prace remontowe, łącznie z wymianą dachu i przesunięciem ołtarza głównego. Następne remonty wiązały się z jubileuszem 90-lecia konsekracji kościoła i zostały przeprowadzone w latach 2008-2011, obejmowały m.in.: renowację fresków, malowanie wnętrza kościoła, odnowienie ołtarzy, oczyszczenie elewacji, renowację i konserwację obrazu z ołtarza głównego, zainstalowanie nowej oprawy oświetleniowej wewnątrz i zewnątrz świątyni. W roku 1984, częściowo z terenu parafii, utworzono parafię św. Jana z Kęt, a w 1999 r. – parafię bł.