Drugi fresk jest bardzo zniszczony. Najlepiej zachowana jest głowa Jakuba w aureoli oraz część baraniej skóry którą przywdział, aby przypominała owłosienie brata.
Freski w górnym kościele, górne partie nawy:
Błogosławieństwo Jakuba Izaak odprawiający Ezawa Józef wrzucony przez braci do studni Józef z braćmi Śmierć Abla Doktorzy Kościoła Droga na Golgotę Chrzest Chrystusa Chrystus wśród doktorów Opłakiwanie Chrystusa Zmartwychwstanie Zesłanie Ducha Świętego Wniebowstąpienie Św. Paweł Św. Piotr Anioł Matka Boska z Dzieciątkiem Anioł
Cykl fresków Sceny z życia św. Franciszka Sposób malowania wszystkich fresków stanowi nowatorskie rozwiązanie samego Giotta. Przed nim malowidła tego typu były tworzone techniką zwaną pontata. On zastosował inną – giornate, polegającą na przeniesieniu rysunku z papieru na specjalnie przygotowaną ścianę. Tam rysunek zabarwiał się na czerwono i powstawała tzw. synopia. Przygotowana ściana była następnie moczona, a malarz nakładał ostateczny kolor. Wielkość przygotowanej powierzchni zależała od tego, jaki fragment malarz chciał ukończyć w ciągu jednego dnia. Największy i najważniejszy w świątyni cykl fresków pt. Święty Franciszek w Asyżu był malowany przez 564 dni. Oryginalność fresków polegała również na przedstawieniu postaci w kompozycji przestrzennej.