Przykładem zastosowania perspektywy są freski Kazanie do Honoriusza III i kardynałów, Modlitwa przed cudownym krucyfiksem i Hołd prostego człowieka. Elementy dodatkowe, jak domy i drzewa, mają swoje przeznaczenie i nie stanowią jedynie tła, tak jak dotychczas w innych dziełach malarstwa tablicowego. Tło nie jest utrzymane w kolorze złotym, lecz w odcieniach naturalnych. Postać Franciszka nie została wyidealizowana, świętego przedstawiono jako zwykłego człowieka, żyjącego wśród innych śmiertelników.
W dolnych partiach nawy kościoła górnego znajduje się cykl dwudziestu ośmiu scen autorstwa Giotta, połączony w grupy po trzy lub cztery. Ich data powstania określana jest na lata 1291–1294. Freski zostały namalowane na przęsłach, na trzech kwadratowych polach, oddzielonych od siebie żłobionymi kolumnami. Pod freskami zostały namalowane draperie o geometrycznych wzorach. Cykl przedstawia sceny z życia św. Franciszka w Asyżu. Freski mimo ukazywania pojedynczych epizodów, stanowią monumentalną całość kompozycyjną i tematycznie są związane ze Starym i Nowym Testamentem. Życie Franciszka zostało ukazane jako naśladownictwo życia Chrystusa i oglądane w odpowiedniej kolejności ukazuje prawdziwe swoje przesłanie. Wszystkich fresków jest łącznie 46.
Freski w dolnych partiach nawy: